万源夏商时为梁州地,周为雍州之域,春秋战国属巴国疆土,秦属巴郡宕渠县,东汉属益州巴郡宣汉县。东晋穆帝永和三年(347),分宕渠宣汉县东北境域置东关县,隶属于梁州晋昌郡,县府驻今万源市固军坝。唐贞观元年属通州,天宝元年属通川郡宣汉县,五代时置明通院(治所在今东南旧院坝),元直属达州和巴州,明属重庆夔州达县,后属东乡县。明正德十年(1515)析东乡县(今宣汉)东北境太平里置太平县(县府在今太平镇)。嘉庆七年(1802)升县为直隶厅,直属四川省承宣布政使司川东道保宁府。道光二年(1822)降为太平县。民国三年(1914)改太平县为万源县。1933—1935年,红四方面军建立川陕革命根据地,先后在境内建有万源、红胜、城口3个县苏维埃政府和1个竹峪特别行政区。1935年2月,红军离县境北上抗日,
1949年12月29日,全县